打肝素的副作用可能会导致关节疼痛，还会出现骨质疏松以及牙龈出血，具体需要根据个人体质来判断。
1、关节疼痛：单独属于临床上常用的一种凝血类的药物，具体需要在医生指导下使用，如果操作不大，很有可能会引起身体出现副作用，比如像关节部位疼痛，主要是由于自发性出血引起，可能会导致腔内有积血存在，不能够正常流通，发作过程中会有疼痛感出现，随着药物从身体内慢慢代谢，症状也会有所减退，可以适当对局部热敷或者是按摩，缓解出现的疼痛感。
2、骨质疏松：大多数发生在老年人群，初期没有太明显的症状，可能是随着年龄逐渐增长，骨骼的含量会有所减弱，肝素能够促进甲状腺激素在骨上的溶解，可能会抑制新的骨质形成，长时间使用可能会增加疾病的发作几率。
3、牙龈出血：由于局部因素或者是全身因素引起，由于牙菌斑或者是牙结石对局部造成刺激，用药期间可能会导致血小板减少，牙龈出血的几率也会比较高，停药之后血小板减少消失，平时还需要注意口腔卫生。