扬子鳄所在的生态系统是水生生态系统。每一种生物都要从周围的环境中吸取空气、水分、阳光、热量和营养物质。水体为水生生物的繁衍生息提供了基本的场所，各种生物通过物质流和能量流相互联系并维持生命，形成了水生生态系统。
扬子鳄古代被称作鼍（tuó），民间俗称“土龙”或“猪婆龙”，是中国特有的一种小型鳄类，被列为国家一级重点保护野外动物。历史上，扬子鳄曾广泛分布于中国东部的黄河、淮河、长江和钱塘江等流域。随着人类活动和气候变化逐渐收缩至长江下游流域。目前，扬子鳄的生存状况十分濒危，野外种群数量总数小于300只，其中成年个体不足100只。野外种群几乎全分布于安徽省南部5个县区构成的扬子鳄国家级保护区中，被分割为大约20个相互隔离的小种群。扬子鳄在人工圈养条件下的繁殖已十分成熟，目前安徽宣州和浙江长兴的两个繁殖基地共保有约2.5万人工繁育的扬子鳄。野外适宜栖息地的丧失和破碎化是扬子鳄目前面临的最大威胁，也是其种群自然恢复和人工繁育个体重引入的最大障碍。
扬子鳄善掘洞为巢，常筑巢于水库堤坝处，常会造成水库泄漏，带来一定的危害，但对于一些板结的土壤则会起到疏松的作用，有利于植物的生长；其废弃洞穴常为其它动物所利用。扬子鳄为肉食性种类，处于食物链顶级，对于维持食物链的平衡起到重要的作用。扬子鳄以鱼、虾、软体动物及昆虫为食。
扬子鳄具有高超的挖洞打穴的本领，头、尾和锐利的趾爪都是它的打洞打穴工具。它的洞穴常有几个洞口，有的在岸边滩地芦苇、竹林丛生之处，有的在池沼底部，地面I：有出入口、通气口。而且还有适应各种水位高度的侧洞口。洞穴内曲径通幽、纵横交错，恰似一座地下迷宫。也许正是这种地下迷宫帮助它们度过了严寒的大冰期和寒冷的冬天，同时也帮助它们逃避了敌害而幸存下来。扬子鳄喜静，白天常隐居在洞穴中，夜间外出觅食。扬子鳄的食量很大，能把吸收的营养物质大量地贮存在体内，因为它就有很强的耐饥能力，可以渡过漫长的冬眠期。扬子鳄的性情较温顺，一般不会主动攻击人。与其他动物一样，在繁殖期脾气暴躁时才会有攻击倾向，但这种攻击通常并不能对人形成实质性的伤害。