1、二者的本质不同：人脑是中枢神经系统的最高级部分，也是脑的主要部分。分为左右两个大脑半球，二者由神经纤维构成的胼胝体相连。是自然界进化的产物，是生物性质的。而电脑是由硬件系统和软件系统所组成，可分为超级计算机、工业控制计算机、网络计算机、个人计算机、嵌入式计算机五类，较先进的计算机有生物计算机、光子计算机、量子计算机等。电脑是由人脑设计的产物，不是生物性质的。
2、二者的特点不同：人脑可以自然产生思想，感情，思维等心理过程，同时兼备个性倾向性（性格等）。人脑产生的智慧和思想是无限的。电脑离不开事先设定的程序，程序里没有的不会自觉产生。没有程序，电脑只是一些电子元件。更不要说自我学习，观察，理解，感情，性格等这些高等功能。
3、二者运算速度上的不同：电脑可以高速准确地完成各种算术运算。当今计算机系统的运算速度已达到 每秒万亿次，微机也可达每秒亿次以上，使大量复杂的科学计算问题得以解决。例如：卫星轨道的计算、大型水坝的计算、24小时天气算需要几年甚至几十年，而在现代社会里，用计算机只需几分钟就可完成，远远高于人脑的计算速度。