一、减轻便秘
此功效已经如食用纤维的功效一样被很好的证实了。很多益生元为在大肠中发酵的碳水化合物。通过发酵产生肠气体来增大肠体积从而缩短了消化物在肠中的逗留时间。一定程度上有助于缓解便秘现象的发生。
二、降低肠pH值
该作用是由于新产代谢来自从蛋白质发酵（生成氨，高pH）向更多碳水化合物发酵（生成酸）的改变。一些肠道疾病如节段性会肠炎和IBS（急性肠道综合症）的特征都是有过高的肠pH值。降低pH从而可以降低（并非治愈）这些疾病的发生。这是有益于病人的。
三、调理细菌平衡
益生元可以帮助肠在经过抗生素，腹泻，压力或其它药物（非抗生素类）的干扰后恢复肠内细菌平衡。通过对某特定菌群的选择性的刺激而使平衡恢复。可能发生在很多种不同菌群上。这种刺激可以是直接的（被选择的细菌在益生元上生长）或是间接的（一些细菌释放对其它细菌生长有益的物质）
这种情况下，选择性刺激和新陈代谢的改变都起到作用。
四、影响血脂浓度
被声称对一些单糖有益，但次作用并未经证实。
五、预防肠癌
这一效应未经证实。但有很多迹象指出许多蛋白质发酵产物会提高患直肠癌的风险。所以蛋白质发酵的减少可以降低风险。而且碳水化合物发酵产物也许有降低直肠癌发病的可能。
同样的，最佳的降低风险效应是通过改变新陈代谢而不是某类细菌来获得。
六、增强免疫
益生元本身对免疫系统无任何作用。但是通过改变肠菌落从而可能影响免疫系统。该刺激可以是有益的或是无益的，有益作用是指免疫系统被激活来抵抗致病菌。无益作用是说由于刺激可能引起的过敏反应。
七、婴儿保健
四岁以下儿童的肠菌落很不稳定。许多口入致病菌都可以干扰微生物菌落。可以稳定菌落的物质可被认为是益生元。一些研究指出有些商业化的单糖可以改变菌落和降低pH值而起到由稳定效应。