南京明故宫是在一次次的政权更迭中，被一点点拆毁，其拆毁历史进程为：
1、建成后首次毁坏，是朱棣起兵与建文帝争夺皇位的那场战争，期间发生过多次的火灾等自然灾害，毁坏了部分宫殿。
2、明朝灭亡清军进入南京，拆了明故宫的部分建造，用这些材料建造了一些建筑。
3、到洪秀全打下南京，拆取南京故宫大量石料和砖瓦。至太平天国灭亡时，南京故宫的宫殿和宫墙已基本无存。
4、洪秀全被曾国藩打败后，天京失守，随后湘军攻破天京后，太平军放火烧城，湘军在大肆抢劫后也到处纵火，南京故宫再次遭到破坏。
5、民国初，为解决落魄旗人的生计，又拆除了一些建筑修机场。
6、孙中山奉安大典要修中山东路，这条路从明故宫中间穿过，再次拆了一些建筑。基本已经被拆光。
明故宫的建筑特色：南京故宫的建设根据中国古代都城营造传统的堪舆术。在中国即天下，天下即中国传统政治理念的影响下，中国古代天文学家，根据对天象星座的长期观察，将环绕北极和比较靠近中国周围上空的星象，分为三垣、二十八宿。所谓三垣，是指环绕在北极和比较靠近头顶天空的星象，分紫微、太微和天市三区，由于各区都有东西两藩的星，围绕成城垣的样子，故称三垣。