二代支付存入指的是统一身份验证、统一直联平台、统一财务管理、统一数据格式、跨行资金归集等7种特色的二代支付系统存入现金。第二代支付系统的主要内容是以清算账户管理系统为核心系统，还是大额支付系统、小额支付系统、支票影像交换系统、网上跨行清算系统等为业务的系统，以支付管理信息系统为辅助支持系统的多应用多功能支付系统。
第二代支付系统是我国最重要的金融基础设施之一，它包括大额实时支付系统、小额批量支付系统、网上支付跨行清算系统、支票影像交换系统、境内外币支付系统、电子商业汇票系统、行名行号管理系统、业务监控系统以及统计分析系统等多个子系统。
第二代系统在信息传输方面采用类似于SWIFT的传输渠道， 信息传输和业务处理相分离，所有参与机构接入到公共信息传输平台，业务信息经公共信息传输平台清分后， 分别提交大额、小额、网银三个应用系统处理， 多个参与机构可以通过一个前置机接入支付系统。