1、巴赫为羽管键琴及楔槌键琴写了大量的前奏曲、幻想曲、托卡塔、赋格曲、组曲、变奏曲、奏鸣曲、随想曲、小品以及这两件乐器与乐队的协奏曲等等。他在作品中还运用了自己在管风琴创作中的经验，如将即兴性、悲壮的气概、复调形式等吸收进来，并借鉴了法国键盘乐、小提琴艺术及琉特琴音乐的因素。他为这两种键盘乐器谱写的《平均律钢琴曲集》、《法国组曲》、《英国组曲》、《帕蒂塔》、《f小调托卡塔》、《c小调托卡塔》、《d小调半音阶幻想曲与赋格》(BWV903)、《戈尔德堡变奏曲》等，都体现了他创作的独特性。其中如《平均律钢琴曲集》中每首各包括一首前奏曲与一首赋格，它们用二十四个大小调证明了平均律在键盘乐上的可行性和艺术创作的优越性。第一集几乎每首前奏曲都有意识地解决演奏上的某个技巧及介绍了键盘乐器创作的一个类型。而每首赋格也提供了赋格写作方法的可能性，它们都有鲜明的音乐个性和完美的乐思发展逻辑。在当时还采用其他的调律方法的时候，巴赫却用平均律写了这套作品，充分体现了他的敏感和这套作品的意义。它们是键盘艺术的经典，堪称钢琴的《圣经·旧约全书》，与后来贝多芬的32首钢琴奏鸣曲(被誉为《圣经·新约全书》)竞相辉映。这套乐曲标志着拉莫的理论体系在实践中已完全成熟。
2、巴赫的组曲创作把这个流行已久的体裁推向了最高极限。其标题“法国“和“英国”虽非巴赫本人所起，但反映了他创作中吸取融合其他民族风格的影响(法国组曲BWV812-817是因为“按法国风格写成”，英国组曲BWV806-811是因“为英国显贵而作”)。两套组曲都包括标准的四个舞曲，每首英国组曲前都有一首前奏曲，其中有些是巴赫特意将意大利的室内乐形式移植到键盘乐的试验，如第三组曲的前奏，实际是全奏与独奏交替的协奏曲快板乐章。
3、为羽管键琴写的《d小调半音阶幻想曲与赋格》(BWV903)是巴赫键盘乐的一个杰出范例。这首作品狂想性的即兴发挥、音色和情绪的丰富变化以及技巧的精湛，都体现了巴赫高超的即兴能力、创作技巧和充沛的感情。它们也都吸收了管风琴创作的宏大气魄和悲壮风格。而将最自由的幻想曲与最严格的赋格组合于一首作品，这种典型的作法，又体现了巴罗克时期对戏剧性的对比统一的美学追求。
4、在《戈尔德堡变奏曲》BWV988中，巴赫又使主题加变奏这种形式达到了高度发展的水平。其主题是一首萨拉班德舞曲，全曲有三十个变奏，以三个变奏为一组，每组最后一曲都是卡农。最后一个变奏是一首集腋曲(quodlibet)，它将两首德国民歌《我离开你已经很长久》和《青菜萝卜》用对位结合到一起。