腌豆腐上的细菌菌体内的水分被浓盐水取代，菌体内的渗透压升高，菌体内脱水，蛋白质变性，失去活性，也就是死了，豆腐就不会变坏了。同时，高浓度的盐还可以在腌豆腐保存时使落到上面的细菌同样发生蛋白质变性，无法分裂繁殖。豆腐的蛋白质同样因高渗透压变性，细菌无法繁殖。
腌豆腐里的细菌和寄生虫一般是没有的，但腌豆腐里的亚硝酸盐人们要引起重视。亚硝酸盐来自蔬菜中含量比较高的硝酸盐。其在腌制过程中，被一些细菌转变成有毒的亚硝酸盐，从而造成了麻烦。不过亚硝酸盐随后会渐渐又被细菌所利用或分解，会逐渐下降，乃至基本消失。同时，腌制食品要产生亚硝酸盐，一方面有温度盐分时间的因素，另一方面还要原料当中含有大量硝酸盐才行。鸡/鸭蛋、豆腐之类食品并不含有大量硝酸盐，所以盐腌之后不可能产生很多亚硝酸盐，不利健康的因素只是过多的食盐本身。
一般来说，腌菜中亚硝酸盐最多的时候出现在开始腌制以后的两三天到十几天之间。而越往后就越少。