近些年，四川中草药材产业链获得了明显的考试成绩，但整体看来与人民大众的身心健康需要，与四川省中药材资源天赋和社会经济发展趋势规定对比，依然存有一定的差别。
1 中草药材生产合理布局欠缺科学研究整体规划。一部分地域存有盲目跟风育种，盲目跟风种植销售市场热卖中草药材等问题，造成 一部分中药材种源错乱、种类基因变异、质量减少，品质良莠不齐，中草药材地道性不突显，对天然的中药材資源保障措施和完成持续运用急需提升。
2 中草药材种植生产不标准问题仍然存有。我国绝大多数中草药材種子苗木一直以来欠缺专业化管理方法和科学研究，存有一部分中药材基原错乱、病害综合性预防科技进步管理体系欠缺、有机肥化肥等投入品应用不标准、收获期不统一、生产加工方式 不标准等问题。
3 种植产业基地基础设施建设落伍。产业基地土壤层、路面、浇灌、供电系统、互联网技术等配套设施基础设施建设标准也有待改进，生产、採收和原产地粗加工阶段现代化农业技术设备的应用推广不够。
4 知名品牌打造出和产业链集成化落后。当今我国中草药材产业链区位优势无法合理转换为销售市场优点和区域经济发展优点。中草药材种植规模化水平低，中药材产业链的种植、生产加工、生产、商品流通、产品研发等阶段并未产生合理的合作融合，中草药材产业链上中下游错位，沒有产生大种类、知名品牌、大全产业链。
5 高新科技支撑点尚需提升。我国中草药材高新科技科学研究优秀人才团体基础薄弱，公司为行为主体的产学研合作产品研发管理体系并未产生，中草药材重要关联性技术性科学研究服务平台工作能力不强。